Чтобы вставить несколько записей за раз, сделайте такую штуку:

но на всякий пожарный коллега здесь реализовал это через наследование Doctrine_Query. Возможно его реализация быстрее.
Как делать миграции:

1. Измените schema.yml
2. Запустите ./symfony doc:generate-migrations-diff
3. ./symfony doc:migrate
4. ./symfony doc:build —all-classes

Как предотвратить удаление записи в doctrine:

public function preDelete(Doctrine_Event $event){
$event->skipOperation();
}
Либо назначить свой Listener чтобы предотвратить удаление:

$userTable = Doctrine_Core::getTable('User');
$userTable->addRecordListener(new HydrationListener());